Numa empresa que usa Tomcat como web container, alguns desenvolvedores relataram uma lentidão na inicialização e na depuração dos sistemas.

Um colega disse que a única solução encontrada até o momento era criar um novo workspace e importar os projetos do antigo.

Depois de pesquisar um pouco, encontrei em num fórum pelo mundo afora (não vou lembrar onde) algo relacionado a breakpoints. Bingo!

Se você está enfrentando um problema semelhante, ou seja Tomcat + Eclipse + Sysdeo + Lentidão, apague todos os breakpoints e há uma grande chance do seu workspace voltar ao normal.